Dezynfekcja metodą chemiczną polega na wprowadzeniu do wody substancji chemicznych, które niszczą bakterie. Skuteczne ich działanie zależy od: ich rodzaju i stężenia, ilości i rodzaju mikroorganizmów znajdujących się w wodzie, fizycznych własności i składu chemicznego wody, czasu kontaktu mikroorganizmów znajdujących się w wodzie ze środkami dezynfekującymi. Metody chemiczne sprowadzają się do stosowania środków silnie utleniających: chlor, ozon.