Węgiel aktywny, przygotowany ze skorup orzechów kokosowych lub z węgla, usuwa chlor mechanizmem katalitycznym oraz rozpuszczone związki organiczne przez adsorpcję i często znajduje się w systemie oczyszczania wody w dwóch miejscach. Ponieważ cienkowarstwowe membrany odwróconej osmozy są niszczone przez nadmierne oddziaływanie wolnego chloru, oraz, w mniejszym stopniu, degradowane przez rozpuszczone związki organiczne, granulowany węgiel aktywny jest często umieszczany przed membraną RO dla usunięcia tego typu zanieczyszczeń. Filtry z granulowanym węglem aktywnym są także często umieszczane w pętli „polerującej” systemu oczyszczania wody dla usunięcia śladowych ilości rozpuszczonych związków organicznych, przed końcową wymianą jonową.